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按碳的營養來源不同，微生物分為自養（yǎng）菌（jun1）和異養菌兩大類。

自養（yǎng）菌(無機營（yíng）養型)

能直接利（lì）用無機物如空氣（qì）中二氧化碳及無機鹽類作為營養物來源，合成細胞所需要的碳源的微（wēi）生物，叫自養菌。自養菌又（yòu）分（fèn）光能（néng）自養（yǎng）菌與化學能自養菌。如藻類和含葉（yè）綠素的細菌利（lì）用葉綠素吸收光能，從二氧化碳合成所需化合物的微生物叫光能自養菌。而化學（xué）能自養菌能（néng）氧化一定的無機化合物，利用產生化學能還原二氧化（huà）碳合成有機碳化物，這類細（xì）菌如硝化菌群、鐵（tiě）細菌、氧（yǎng）化（huà）硫細菌等（děng）。自（zì）然界中的化學能營養菌分布較光能（néng）營養菌普遍，對於自然界中氮、硫、鐵等物質轉化有很大作用。

異養菌

利用環境（jìng）中的有機碳化合物進行（háng）氧（yǎng）化發酵得到（dào）細胞所需的營養物（wù）的菌種叫異養菌（jun1）。它可以（yǐ）是不含葉綠素的。其中有些細菌生活在動植物屍體上吸收養料，這種營養方式叫腐生;有些細菌生活在活動的動、植物上吸收養料這叫寄生。在循環（huán）冷卻水中異養菌利用水中的有機碳化合（hé）進行（háng）繁（fán）殖。一般常將用特定異養菌培養基培養出的細菌（jun1）統稱為異養菌。經有關研究人員監測分析（xī），循（xún）環冷卻水（shuǐ）中的異養菌約分60個屬。

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