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按碳的營養來源不同，微生物分為自養菌和異養（yǎng）菌兩大類。

自養菌(無機營（yíng）養型)

能直接利用（yòng）無機物如空氣中二（èr）氧化碳及無機鹽類作為營養物來源，合成細（xì）胞所需（xū）要的碳源的微生（shēng）物，叫自養菌。自養菌又分光能自養菌（jun1）與化學能自（zì）養（yǎng）菌（jun1）。如藻類和含葉綠素（sù）的細（xì）菌利用葉綠素吸收光能，從二氧化（huà）碳合成所需（xū）化合物的（de）微生物叫光能自養菌。而化學能自養菌能氧化一定（dìng）的無機化合物，利用產生（shēng）化學能還原二氧化碳合（hé）成有（yǒu）機碳化（huà）物，這類細菌如硝（xiāo）化（huà）菌（jun1）群、鐵細菌、氧化硫細菌等（děng）。自然界中（zhōng）的化學能營養菌分布較光能營養菌普遍，對於自然界中氮、硫（liú）、鐵等物質轉化有很大作用（yòng）。

異養菌

利用環（huán）境（jìng）中的有機碳化（huà）合物進行氧（yǎng）化發酵得到細胞所需的營養物的菌種叫異養菌。它可以是不含葉綠素的。其中有（yǒu）些細菌生活在動植物屍體上（shàng）吸（xī）收養料，這種營養（yǎng）方（fāng）式叫腐生;有些細菌生活在活動的動（dòng）、植物上吸收養料這叫寄（jì）生。在循環冷卻水中異養菌利用水中的有機碳化合進行繁殖。一般常將用特定異養菌培養（yǎng）基培養出的細菌統稱為異養菌。經有關研究人員監測分析（xī），循環冷卻水中的異（yì）養菌約分60個屬。

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